Flame of Recca là câu chuyện về Recca Hanabishi, một cậu thiếu niên rất thích ninja và cũng tự cho mình là một ninja. Recca thường lâm vào những trận đánh nhau vì cậu đã tuyên bố với tất cả mọi người rằng ai đánh bại được cậu thì cậu sẽ trở thành một ninja trung thành của người đó. Mặc dù vậy, Recca rốt cuộc lại thề sẽ trở thành một ninja trung thành với Yanagi Sakoshi-ta, một cô gái có năng lực trị thương bẩm sinh, bởi sự tốt bụng và tình thương của cô. Recca đã sớm phát hiện ra rằng cậu có khả năng điều khiển lửa bẩm sinh, và cuối cùng cậu được biết rằng mình chính là con trai thủ lĩnh đời thứ sáu của Hokage, một phái ninja đã bị tiêu diệt bởi Oda Nobunaga vào thời Tenshō, khoảng 400 năm trước thời hiện tại trong truyện (có thể vào những năm 90).